A higiénia fontosságát nem szabad szem elől téveszteni a kontaktlencse viselésekor. A lencséket a kivétel után alaposan le kell tisztítani a speciális oldatban, majd a tokban védőfolyadékban tárolni, hogy ki ne száradjon.
A kontaktlencse tok tehát ugyanolyan steril kell legyen, mint maga a lencse. Sokan nem szentelnek ennek a részletnek elég figyelmet és hónapokig használják ugyanazt a tokot. Pedig a baktériumok elszaporodhatnak a kontaktlencse tok nedves felületén és befertőzik a lencse közvetítésével a szemet.
Ennek megelőzésére csomagolják össze a gyártók az ápolószerrel az antibakteriális tokot is. Miután felhelyezte valaki a kontaktlencséket, akkor a kiürült tokot alaposan ki kell öblíteni és szárítani. Ezzel elkerülhető, hogy a következő tárolásig felszaporodjanak benne a baktériumok.
Figyelni kell a lencsék helyes sorrendjére, ezért jelzi a dobozon, hogy melyikbe kell a jobb és melyikbe a bal oldali darabot tárolni. Az éjjel-nappal viselhető kontaktlencséket elég havonta egyetlen alkalommal kivenni.